铨叙厅负责全境的文武官员、幕府僚属、边防将佐的任免、调遣、升迁、降黜、差遣分派的工作，同时兼管登记基层吏员、杂职、幕僚、随军属官名录，管理吏籍档案、备案任职信息等工作，下设官任房、吏任房、档案房三房。

考绩厅负责稽核定级文武官吏、前线将佐的政绩、战功与履职成效，开展年度文武考核，评定官员优劣、裁汰冗员、追责失职、举荐贤才等工作，下设评定房、稽查房、惩戒房和选举房四房。

资序厅负责统一存档管理所有文武人员履历、任职资序、籍贯品级、荫补资格并统筹官员轮值、戍边差遣、轮岗调任已经官员致仕后的养老等工作，下设勘磨房、轮差房、荫资房和致仕房四房。

辟召厅全权负责幕府僚属、幕职官、下属州县文武官吏、基层佐贰官的招录、遴选、辟除举荐等工作，同时还要制定招录规制、核查参选资质、选拔全境贤才并负责新晋官吏岗前核验、实习期履职督察、考核定级，甄别才干品行、储备文武人才等工作，下设辟选房、试用房、考绩房和储才房四房。

铨叙司的司、厅、房各主管的品级与民政司相同。

营建司是幕府下负责全域基建的总管机构，负责城池、官道、水利、官署营房的营建修缮与工程督查等工作，下设城防厅、路桥厅、水利厅和工督厅四个厅，该司的诞生自然也是基于王凌的基建思想而创立，算是幕府的“工部”。

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城防厅负责修筑、加固、修缮边境城池、堡寨、关隘墙体，新建、修葺、规整官府衙署、文武官廨、军营营房、驿站官舍并负责日常管护等相关工作，下设有城垣房、官廨房、营舍房、驿舍房和养护房五房。

路桥厅负责修筑、拓宽、养护境内主干官道、驿路、边防巡道，修建、修缮、管护境内渡口、桥梁、关隧设施等工作，下设官道房、津梁房、巡道房和养护房四房。

水利厅负责清淤疏浚河道、沟渠、陂塘等水系、防范水患、整治全域水域、修建屯田配套水利、布设灌溉沟渠、修缮农田水利设施、规整水土资源等工作，下设疏浚房、水系水利房、营田水利房、防汛房、修缮房和养护房六房。

工督厅负责核验工程用料、督查工期进度、验收工程质量、登记营建台账、定期巡检全域公共基建、报备破损设施、统筹基建修缮维护等工作，下设物料稽核房、钱粮审计房、巡视房和修护房四房。

营建司的司、厅、房各主管的品级与民政司相同。

农牧司是统筹农耕生产、农技推广、草场畜牧与蕃部农牧治理、保障军市民生粮畜供给的机构，下设只有农政厅、畜牧厅、农储厅这两个厅，相当于后世的“农业部”，也是国朝历史上出现的第一个专管农业和畜牧业生产发展的部门。

农政厅负责规整全境农田、核查耕地、指导农耕时序、推广粮食作物、督导春耕秋收、整治撂荒土地、推广农耕技艺、改良农具、普及沃土技术、指导灾年补种、落实农业增产举措、蓄养耕牛等诸项工作，事情虽杂，但是相当的重要，基本上决定境内每年能有多少产出、有多少人能吃得上饭。

同时，农政厅还要配合度支司，做好夏秋两税的征收工作；在农业生产遇到灾害的时候，农政厅需要统计受灾田地与减产损失，制定灾后补种、免耕、补救方案，督导灾后农耕复产，安抚受灾农户，并及时的向上回报各地的受灾情况，请度支司酌情减免农税。

因此，农政厅下设的部门也最多，共计有农技房、农具房、耕牛房、粮种房、规划房、耕督房、田籍房、防灾房和田赋房，总计共九个房。

畜牧厅负责划分边境草场、养护草场资源、落实禁牧轮牧规制、管控蕃汉放牧区域、统筹牛羊马匹繁育、畜禽防疫、规范放牧秩序，储备军需畜力、管理民间畜牧产业等工作，下设马政房、草场房、育种房、储料房、防疫房和肉供房共五个房。

农牧司的司、厅、房各主管的品级与民政司相同。