民政司的长官为“参政司马”，挂“权同知戎州军州事”衔，品级定为从五品，着绯袍；各厅的长官皆为“判官”，都挂“权通判怀州军州事”的衔，品级定为从六品，着绿袍；各房的长官皆为“主事”，都挂“权知固原县主簿事”，品级定为正八品，着青袍。
度支司是幕府的财政根本机构，总揽钱粮税赋、物资仓储、经费预算、账务审计与财税缉私等事务，是幕府的“钱袋子”。
度支司下设农税厅、商税厅、预算厅、审计厅、缉私厅和仓储厅共六个厅
农税厅掌管丈量全境田亩、核定地籍并登记造册、核定夏秋农税、完成赋税征收补缴、核算灾年减税额度、管控粮税入库等工作，下设地籍房、农税房、暂押房三房。
商税厅掌管境内盐、茶、铁、竹木等官榷物产的税费，核查境内商铺、行市、零散商货税费，核查市井商税缴纳情况等工作，下设核查房、杂税房、市税房三房。
预算厅负责编制全境军政、民政、工程、赈济年度钱粮预算，核定经费调拨额度、管控预算开支、审核临时钱粮支出等工作，下设会计房、筹计房、度支房三房。
审计厅负责核查各司钱粮出入、工程开销、军需支出、俸禄发放账务，逐月逐年核对仓储、税收入库、经费支出账务，完成核销归档等工作，下设稽核房、对账房两房。
缉私厅负责稽查隐田瞒产、商户逃税、官吏贪吞赋税等舞弊行为，负责查禁私盐、私茶、私铁等违禁私贩，打击全境走私牟利活动的工作，下设查税房、官税房、缉私房三房。
仓储厅负责收纳囤放粮草、布匹、军需、官产物资，统一拨付全军军饷、官吏俸禄、士卒口粮、赈灾物资等工作，下设仓储房、出纳房、库管房三房。
度支司的司、厅、房各主管的品级与民政司相同。
商务司是掌管全域商贸的专属机构，主管境内市集、边境榷场、跨境关税、物价调控与商事秩序、盘活边境商贸经济等事务，下设有榷场厅、市易厅、商事厅和榷务厅共四个厅，是幕府的重要的经济机构。
这一司的设立，完全是出于王凌“商税收益远远大于农税收益”的认知而设立的，主要是为了维护境内商贸活动、商贸秩序等事宜而成立。
榷场厅负责管控边境榷场与互市市集、查验商旅资质、核查出入境商贸物资、制定蕃汉跨境贸易规则、管控禁贸物资、规整边境商贸秩序等工作，下设规制房、榷场房、检疫房三房。
市易厅负责核算、收缴、入库跨境贸易关税、调控边境市集物价、结算商贸交易、调解商事纠纷等工作，下设关税房、定价房、调处房三房。
商事厅负责登记全境官私商户、备案商事信息、管控商户资质、规整商事户籍、管控境内民间商贸流转、疏通物资流通渠道、维护市井贸易秩序等工作，下设商户房、稽核房、转运房和货贸房四房。
榷务厅负责管控盐茶铁等官方专营货品贸易、对接跨区域商贸、调配互通物资、维护商贸通路畅通等工作，下设盐铁房、茶酒房、专营房和外贸房四房。
商务司的司、厅、房各主管的品级与民政司相同。
铨叙司是幕府的人事集权核心，垄断了全境文武官吏、军将吏员的招录、任免、考核、档案与人才储备等各项事宜，总揽各项人事大权，相当于是幕府的“吏部”，下设铨叙厅、考绩厅、资序厅和辟召厅共五个厅。