巴耳馨公主留在巴比伦并不安全，于是她更名改姓，扮为亚历山大的服侍者，成为随行人中的一员。
亚历山大从巴比伦出发，先到了苏萨，又从那里启程向东进入山区，在狭小的险地靠着牧羊人提供的信息——一条鲜有人知的迂回小径，在夜间向封锁山谷的敌军发动奇袭，才逆转了白天因大意而强行渡关时，遭到埋伏在山顶的敌人用滚落的山石进行的突然打击。
亚历山大渡过封锁的险境，波斯波利斯的守将当即弃城而逃，将这座都城让给了征服者。
然而，当亚历山大进入城内的时候，他发现远处的神庙和大殿都已经被城内的起义者点着，那些身上着火的祆教徒们在街上乱窜，痛苦地嘶喊和尖叫，用身体撞击着墙壁和地面。那些起义者中有波斯传统信仰的祭司团体和支持者，也有反对祆教重税压迫的普通民众，他们听闻亚历山大此行而来的目的是为了把他们从祆教的压迫和暴政中解放出来，就率先出击，打翻了圣殿中的火种，将那些用金色墨水书写在牛皮上的《阿维斯陀》和赞德注解[1]的经卷丢到火中焚毁，将祆教徒绑在木头上烧死。
他们高呼：“你们崇拜火，那何不与它相拥呢？！”
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亚历山大立即下令救火，直到天明之时，火势才被控制；然而，整座城市的一半已经化为废墟。那些珍藏在档案库里的祆教经典也只剩下残破的碎片，一具具焦黑的尸体出现在城中各处。他十分后悔出征波斯波利斯，但一切为时已晚，他虽惩罚了那些起事者，也向那些幸存的祆教徒们道了歉。
但在这次事件之后，亚历山大已经完全陷入了一种低沉和压抑的状态。他的军队驻停在了距离那里不远的帕萨尔加德，他对巴耳馨说：“我从平定海拉斯叛乱以来，到入侵亚洲的整个过程，打着为父报仇的名义所做的所有事，在之前我的内心认为那是绝对正义的；在知道了你和你养父的故事以后，我开始动摇了这个想法。这次在波斯波利斯，无论我出征的借口是否正确，无论这把火是不是我亲自放的，这场大火会被历史铭记，毫无疑问，我是使它发生的最大推动者……
“巴耳馨，我的将领和士兵们以为我是为了领土和荣耀而战，而他们之所以跟随我也只是为了财富与地位……”他继续说，“没有人会真的相信我是真的为父亲复仇而战，更不会有人相信我是为了正义和真理而不断地前进着……我太累了，巴耳馨……也许我应该放弃了……向你的养父议和，请他回来继续做阿契美尼德的皇帝，我的将士不会反对，因为他们已经腰揣金银与珠宝，而我将带着我的士兵回到我的故乡去，归还自由给那些被马其顿控制的城邦，然后我将放弃王位，离开那里，云游四海，陪你一起到世界的尽头去寻找世间万物的答案……”
“无论你去哪儿，无论你做什么，我都会陪在你身边……亚历山大……”巴耳馨依偎在男人的臂膀，“我要同你一样，放弃祭司的职位，我的妹妹会继承我的职责，而我将和你一起浪迹天涯……”
于是，议和信被寄往了北方的埃克巴坦那，但科多曼努斯怎么可能相信那曾经把他逼入绝境的亚历山大会放弃自己的领土和王位，就这样把这个帝国还给他。
他并未给出回信，继续在东部召集军队，坚壁清野，希望与亚历山大在北方和东方再次决一死战；于是亚历山大决定亲自前往米底亚，当面向科多曼努斯表明自己的决心和意愿。
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他的军队开始向西北折返，这让科多曼努斯以为亚历山大开始追击他了，他便向斯基泰人求助，然而在高加米拉战败之后，科多曼努斯的威信已大不如前，斯基泰人并未伸出援手，于是科多曼努斯则渡过了希尔卡尼亚的关口，继续向东逃跑。
巴克特利亚总督贝苏斯[2]见自己的皇帝如此落魄，便想取而代之，他连同其他贵族发动政变，将科多曼努斯拘禁；那从贝苏斯处逃出来的，原属皇帝的海伦尼克雇佣军投奔了亚历山大，通知了他这一情况。亚历山大听闻贝苏斯将科多曼努斯挟持，连忙率领骑兵和轻装步兵亲自前往救援，甚至最后连夜急行军。
到清晨的时候，一位马其顿士兵发现了被遗弃且已受重伤的科多曼努斯躺在河边，那时他已经濒临死亡，他向马其顿士兵要了一口水喝后，表达了他对亚历山大仁慈对待他家人的感谢，而后逝世。
不久，亚历山大亲自赶到现场，他惋惜至极，脱下自己的斗篷来为死去的国王覆上。一场隆重的国葬在帝国的首都举行，按照亚历山大的要求，科多曼努斯被葬在波斯波利斯的帝王陵。
之后，亚历山大开始追击僭位者贝苏斯，向科多曼努斯复仇，他率军向东讨伐，进入了帕提亚，然后向南追至阿利亚[3]和德兰吉亚那[4]，再向北进入阿拉霍西亚，穿过水之山进入巴克特里亚，并从那里继续向北进入粟特[5]地区。
直至极北的可萨提河[6]畔，贝苏斯才被亚历山大的大将托勒密逮到，并立即以叛国罪处死。
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了却这桩心事以后，亚历山大带着他的军队驻扎在粟特以南，巴克特里亚以北的那片草原之上，那里的农舍和小镇恬静惬然，在山峦与草地的映衬下，如仙境般美轮美奂；这里的溪水甘甜，民风淳朴，亚历山大与巴耳馨都被这美好的风光所折服，决定在此住下，他们陷入热恋，终日缠绵，度过了一生中最快乐的一段时间。
亚历山大的将领们并不知道亚历山大是在与谁相恋，还以为那是从附近俘虏来的贵族姑娘，紧接着，他们就在当地人的见证下举办了简单的婚礼。
当时，巴耳馨用的假名是罗克珊娜[7]。
那段时间，亚历山大忘记了世俗中束缚他的一切：王国、名誉和责任；他忘情于山水之间，快乐而满足。直至他的将领们都表示想要离开这‘野蛮之地’，回到巴比伦去，享受无尽的荣华和受人敬仰的后半生。
“是的，我们该走了。至少要先回去安顿好这一切，我们才能离开，否则这个没有国王的国家会立刻陷入混乱……”亚历山大对妻子说，“你能想象吗？我们已经不知不觉到了极东之地，根据传说，只要从这里继续向东，很快就能到达‘世界尽头’了，那里会不会就是大树告诉你的地方，而那里是否真的会有一艘开往‘彼岸’的船呢，我真的很想去看一看……”
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亚历山大说服了军队，再向西行进不久，便会到达大海，走水路回巴比伦要比向西原路返回要轻松且快速很多，于是，他们继续向东进发，跨过了印度河，进入了未知的世界；他极力的劝说沿路的当地人，他只是想借过他们的土地去到大外海，但他们仍然不停地遭到当地的土着部族袭击。
在希达斯皮斯里弗畔的旁遮普[8]，当地的酋长波罗斯[9]率领大象军团突然攻击了亚历山大的军队，虽然经过苦战，科林斯同盟和马其顿人再次获得胜利，但士兵们已经对这些战象产生了恐惧；当他们从俘获的士兵那里听说继续向东的土地并不是海洋，相反等待他们的仍然是林立诸多部族的雨林，每一个部族都拥有数万头战象的时候，在维帕希河畔[10]，亚历山大的几位军官拒绝渡河，直接违抗了他的命令。
很显然，亚历山大从未遇到过这样的情况，他并不知道如何处理自己军中的叛乱；在过去，他视这些将领为朋友和伙伴，但现在他们直接公然地抗拒继续前进的命令，他并不知道该做什么。
于是，亚历山大妥协了，他同意他的将领们带着自己的人走陆路先行回巴比伦去，而他自己和罗克珊娜以及几个随从会继续前进，直到到达外海的码头，在那里他们会坐船回去。