在皇宫内做法事的憨山和尚，是慈圣太后较为欣赏的出家人之一。

有明一代，佛教的发展和太祖颁布的宗教政策密切相关。太祖本人当过一段时间的和尚，对佛教管理中存在的弊端非常清楚。他建极以后，认为佛教既有消极的一面，也有重要的辅政作用，因此对于佛教是管理、利用相结合——至于他本人，广造杀业的时候可没有受到佛法的一丝一毫的影响。

出于便于统治和愚民的目的，并尽量减少佛教对生产生活的负面影响。太祖在佛教的推广和管理上制定了细密的宗教管理制度和措施[注1]。

这些制度和诏令对中国的佛教发展起到了决定性的作用。有明一代，佛教在中国的发展既没有像满清和后世那般泥沙俱下，鱼龙混杂；也没有像在灭佛的朝代中那般，被打压的无处容身。一直不温不火，处于一种健康状态。

虽然嘉靖时期，佛教因为皇帝崇信道教受到了巨大的冲击，但隆庆帝信仰佛教，并在登基后纠正了嘉靖崇道灭佛的政策。至于他的两位妻子，则崇佛到了痴迷的地步。尤其是李太后，原时空她的崇佛活动，直接在晚明时期让佛教兴盛到了隋唐之后的最高峰。

在隆庆六年，刚秉政的慈圣太后会同冯保、国公朱希忠等权贵，向皇姑寺布施了一口大钟。皇姑寺历来与崇佛的明代宫廷关系密切，李太后布施大钟实际上是向天下展示了当政崇佛的风向标。

李太后带头之后，立即在本就有一定佛教基础的天下掀起了崇佛的风潮。“京师内外，多置梵刹，动费聚万。”朱翊钧穿越过来后，将李太后用内帑修造梵刹的兴趣转向了蒙古、宁夏和西藏等地。但汉地权贵为了巴结慈圣，布施寺田、金银，远超内帑在边地的投入。

万历二年，礼科给事中梁式题《禁左道三条》，其中言：“今各处大小寺院庵观，不可计数矣......淫祠煽惑于民风。”又言“异端粉饰声容以诳惑愚俗，未有如今日之盛也。”——若不是朱翊钧拦着，李太后恨不能宰了他。

李太后对给事中可以喊打喊杀，但对张居正就不敢这样了。作为套着儒家皮儿的法家门徒，张居正是绝对意义上的无神论者。

在张居正的支持下，礼部连发“禁左道”之令，重申日渐崩坏的太祖《申明佛教榜册》，狠刹佛门无序发展的歪风。而万历初年的慈圣太后，对佛教本义也不是很清楚——拿内帑修碧霞元君的娘娘庙就是明证。面对当时佛门“逾越礼制”、“奢侈稥蘸”的歪风也甚是反感。因此，对张居正有理有据的压制不再反对。

朱翊钧逐步掌握大政之后，李太后有了大量的时间礼佛，且深入的学习佛法，她比原时空更早的成为一个虔诚的佛教徒。

而中国的宗教，从未取得过中世纪教皇国那般崇高的地位。佛教徒无不深知，“不依国主则法事难立”，“沙门所作一切佛事，无非为国祝厘，阴翊皇度。”对自己的发展必须依靠皇权是心知肚明的。