随着各项改革伴在万历六年全面铺开，朱翊钧忙的脚打后脑勺。万历六年八月，吕调阳因年迈乞骸骨，以光禄大夫、柱国、少傅兼太子太傅、吏部尚书、建极殿大学士的官衔退休并授一等伯爵，驰驿。

吕调阳是朝廷改了爵法之后，第一位被册封的文臣，以伯爵的仪制回乡之后，他的身份不再是民，而是勋贵。

尽管这伯爵不世袭，爵禄只发到吕调阳去世，但对他来说，仍属于超级光宗耀祖的体面。因为新法规定，对于在任期间工作平平的，在同级爵位中选低等授之。吕调阳能得一等伯爵，说明他的工作能力和操守得到了皇帝的肯定。

吕调阳一身正气，“门无私谒”——换句话来说，他从不以权谋私，也不拉帮结派，具有很高的政治智慧。在严嵩当政期间，因为吕调阳的滑不留手，严党也拿他没什么办法。

吕调阳历经三朝，虽然没有主导过大政，但作为一个执行力很强的人，在大辅助方面具有很强的能力。而且他性格冲和，有成绩从不炫耀，也不愿意听别人对他歌功颂德。被评价为：“所树惟恐见知，所急惟恐见德。”

因此，作为新法出台后，第一个被册封的高官，朝野上下也非常关注皇帝会给予吕调阳何种评价。因为他的性格导致其政绩不显，所谓“人故无所藉以颂公”，因此很多人觉得吕调阳可能会以二等伯致仕。

没想到皇帝给予吕调阳的册封诏书中，对其作出极高的评价：“该员质行多长厚，断断乎有古大臣之风。”，认为他是当代的丙吉，“在汉丙吉，今也则吕调阳也。”

吕调阳一方面是因为身体确实支撑不住，另一方面对于疾风骤雨般的变法改革，也有些畏难之意，才上疏坚决求去。

结果接到皇帝的册封诏书后，吕调阳这个十分重视自身道德修养的人竟愧而难当，上疏做了自我批评，坚决固辞一等伯之赏。朱翊钧召他入宫，反复抚慰后，他才放下心理负担，谢恩返乡。

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因为变法摊子铺的很大，吕调阳致仕后，潘晟、马志强先后以礼部尚书、吏部侍郎衔直入内阁。申时行、余有丁分别接任二人职务。