以这种心态来看漕运，朱翊钧终于体会到了，这条大运河的每一次变革，都关乎运河两岸数以百万计的生民身家性命。

若不能妥善处理化解矛盾，如同改革盐政那般随意兴革，不知多少人将家破人亡。因此，他很慎重的先祭出法宝：调查研究。

随着一件件调研报告的反馈，到了万历三年六月份，朱翊钧终于构建出京杭运河的整体印象。

总漕和中央、地方之间的关系，运河上下的阶层分布、赖以为生的人群结构，运河和各大水系之间的有机联系，朝廷现在的漕运体制有何种弊端，都事无巨细的勾勒出来，并最终让他——一个与众不同的皇帝，找出了解决问题的答案。

心里有了底，下一步就是统一思想。朱翊钧正盘算时，屡败屡战的王宗沐于八月中再次建议朝廷，欲行海漕。

这下子可捅了马蜂窝，伴随着暴风骤雨般的弹章，王宗沐这个总漕位子开始摇摇欲坠。朱翊钧连续在各种场合放风，下毛毛雨，保着王宗沐。同时下旨户部，令其提出对再行海漕的意见。

八月三十，户部奏章送六科备案后报内阁，侍从室又将之列为朱翊钧详看之章。朱翊钧见其内容为：

“先，该大臣叙海运之功，臣等谓万世之利在河，一时急用海。今该漕臣议增海运二十四万石，臣等以为海道风波难定，但当熟悉此路，以备缓急，不必加征。昔者给事中张涣等议与臣等同，并言隆庆六年漂没粮石，该大臣发银买补。臣等不意宗沐之明达，竟弄巧成拙至此。”

“但事出风闻，难以深求。当时臣等以为首事勇敢之臣，可以情恕，以观后效。然万历元年又七船漂没，亡者十五人，臣等以为粮可补而人命不可补也。”

“臣等查元代海漕，不遇风浪而漂没者十之有三。诚可见海运之不行者一。海运必用千料船，驾者一船百人，运米千石。若计河漕，则海漕一可办河船十，运卒少而无倾覆之患，此海运不如河漕者二；”

“若如元专海运，必设瞭望之卒，备捍御之兵，以防剽掠。若用河漕，盗贼不敢窥也，此河漕利者三。”

“故臣等议，海运自万历三年始，止以十二万石为则，以备急用海。伏乞圣裁。”

朱翊钧览奏后心里很不痛快，批答道：“朕览尔等奏章，竟尽言海运之弊，不言其利；尽言河漕之利，而不言其弊。天下有此等有利无弊、或全弊而无一利之事？朕早以“求是”之纲要反复絮言，你等奏章全不见此，预设立场，其心难正。”

“隆庆六年事，给事中风闻奏之，因皇考大行，朝廷并无定论——如何又来说王宗沐‘弄巧成拙’？尔部奏言，言辞假惺惺，甚不庄重而失于臣体。”

骂了户部一顿后，朱翊钧又写道：“内阁辅臣见此奏章，不求甚解，而以‘请圣裁’覆奏。此为‘求是’之意乎？”